成员之间的搭档关系错综复杂，但有几组的关系尤为密切。根据剧情和角色互动分析，宇智波鼬与干柿鬼鲛的搭档关系最为深厚。鬼鲛对鼬的敬重不仅源于实力，更因两人相似的经历——都曾为村子杀害同胞。鼬虽表面冷淡，但通过幻术暗中保护鬼鲛，甚至在任务中多次主导行动方向。鬼鲛临死前仍对鼬保持忠诚，这种默契远超普通搭档。
另一组关系密切的搭档是迪达拉与赤砂之蝎。两人因艺术理念相近而组成小队，迪达拉的爆炸艺术与蝎的永恒艺术虽存在分歧，但合作期间彼此认可对方的才能。蝎死后，迪达拉为其复仇的执念进一步体现了这段关系的特殊性。游戏剧情中，玩家可通过组合两人的技能触发联动效果，还原原著中的战术配合。
长门与小南的关系则超越普通搭档，带有深厚的羁绊。作为雨隐村孤儿时期的同伴，两人共同创立晓组织，小南始终追随长门，甚至在其死后仍坚持完成其遗志。游戏中长门操控佩恩六道时，小南常以辅助角色登场，技能设计上强调保护与协同，例如小南的纸遁能为佩恩提供防御屏障。
飞段与角都的组合虽以利益维系，但角都容忍飞段的狂热宗教行为，飞段也依赖角都的理财能力。游戏内两人被设计为不死二人组，角都的地怨虞可复活飞段，而飞段的诅咒仪式需角都协助完成。这种互补机制反映了原著中被迫合作却形成独特平衡的关系。
晓组织的搭档系统在游戏中高度还原了原著设定，玩家需理解角色关系才能发挥最大战力。例如鼬与鬼鲛的幻术与水遁组合、迪达拉与蝎的远程爆发战术，均需依托对角色背景的深入掌握。攻略晓组织副本时，优先培养关系密切的搭档队伍，可显著提升通关效率。
晓成员的关系密切程度与其背景、理念及战斗配合度直接相关。游戏通过剧情对话、联合技能等细节强化了这些关系，为玩家提供了沉浸式的体验。
