操作舰船的核心在于合理分配技能点和战术搭配。对于常规护卫舰如FG300，装甲强化是通用选择，可以优先拉满护甲和生命值，根据实战需求选择两血两护甲或一血三护甲的加点方案。侦察型舰船则需要侧重动力系统，将常规速度和曲率速度点满，确保快速执行侦查任务。而像刺水母、红宝石等护航艇，加点顺序应为策略技能＞冷却缩减＞暴击＞爆伤＞伤害＞命中，最大化输出效率。奶船如卫士、苔原等则优先冷却和锁定能力，策略技能无需加点。
工程船搭配运输舰（如721载货型）能显著提升资源采集效率，仓储和动力系统点满后减少往返时间。矿船操作需注意燃料管理和资源优先级，优先采集金属和晶体，中后期再考虑重氢。野外修理必须将受损舰船移动到特定修理点，根据损坏程度选择全面修理或局部修理，同时注意资源消耗和维修时间的平衡。增援功能可突破指挥值限制，但需避免在曲速航行时操作，否则会降为普通航行速度。
FG300侦查型护卫舰建议强化燃烧效率和曲率引擎，提升机动性；卡利莱恩级侦查舰则利用隐形技术提高隐蔽性。规划侦查路线时，通过地图放置计划圈，确保航行范围覆盖目标区域。高速侦查舰可先抵达目标点，再增援主力舰队缩短行动时间。战斗中侦查船需避免暴露，优先获取敌方动态信息，协同主力舰队形成包夹攻势。
主力舰队以高防御舰船为前排，如ST59优先能量抗性和护甲，后排搭配高输出巡洋舰或航母。输出舰队侧重攻击与移速，利用包夹机制绕过敌方前排直接打击中后排。奶舰和支援舰单独编组，确保持续作战能力。注意计划圈数量有限，优先用于资源点占领和关键战斗部署，采矿平台可节省计划圈并提供采集加成。
比如封锁任务可刷野怪经验，但需避免误伤盟友工程船；中立1级基地是刷经验的优质选择，打完舰队后撤回可重复挑战。前期速本建议优先升级资源建筑，中期加入活跃联盟共享矿区，后期通过采矿平台稳定资源供给。操作舰船的本质是平衡资源、战术与协作，多观察战报和地图动态，逐步优化自己的策略节奏。
